Su deposu yalıtımında kullanılan malzemeler, suya dayanıklı özellikler taşıyan ve uzun ömürlü olan ürünler olmalıdır.
Genellikle sıvı membranlar, bitüm esaslı yalıtım malzemeleri, polietilen ve PVC kaplamalar gibi ürünler kullanılır. Uygulama yöntemleri ise depoların büyüklüğüne, yapısına ve kullanım amacına göre değişkenlik gösterebilir. Her koşulda uzman kişiler tarafından yapılan yalıtım işlemleri, uzun vadede performansını sürdürebilen su depoları yaratır.